Catatan sejarah tentang Irian jaya dimulai pada abad ke VII.
Pada abad tersebut diberitakan bahwa pedagang sriwijaya telah sampai di daerah ini dan menyatakan bahwa Irian Jaya termasuk wilayah kerajaan Sriwijaya yang mereka beri nama Janggi.
Keterangan tersebut dapat di pahami mengingat pada waktu itu kerajaan sriwijaya merupakan pusat perdagangan dan pusat agama budha yang berhubungan dengan bangsa cina dan india.
Dengan armadanya yang kuat sriwijaya mengunjungi Maluku dan Irian Jaya untuk memperdagangkan rempah – rempah, wangi – wangian, mutiara dan bulu burung cendrawasih.
Buku tahunan cina menyebutkan bahwa Raja Sriwijaya yang bernama Maharaja Sri Indrawarman telah mengirimkan utusannya ke kaisar cina dan mempersembahkan bulu – bulu burung yang indah.
Sementara itu seorang musafir Cina yang bernama Chon You Kwa menulis, bahwa dikepulauan Indonesia sekarang terdapat suatu daerah yang bernama Tungki dan merupakan bagian dari Maluku. Kalau nama tungki itu dipakai untukmenyebut nama Janggi, maka hal tersebut memperkuat keterangan tentang adanya hubungan Irian Jaya dengan Kerajaan Sriwijaya.
Didalam Kitab Negara Kertagama yang di tulis oleh Mpu Prapanca (1365) Irian Jaya adalah termasuk wilayah Majapahit atau Majapahit kedelapan. Di dalam syair ke XIV didapat kata – kata Ewanim yang menurut beberapa sarjana bahasa merupakan sebutan untuk onim, sedang sian untuk kowiai yang kedua – duanya terletak di teluk Bintuni Kabupaten Daerah Tinkat II Manokwari. Dan ini membuktikan bahwa suku – suku bangsa di Irian Jaya sejak dahulu sudah mempunyai hubungan dengan suku – suku bangsa di bagian Barat, yaitu kerajaan Ternate, Tidore dan Bacan di Maluku.
Suatu keterangan yang dapat menunjukan bahwa Irian Jaya pernah merupakan daerah kekuasaan Sultan Tidore dan Bacan sebagaimana yang dikatakan oleh Koentjaraningrat dan Prof. Dr. Harsya W. Bachtiar dalam penelitiannya yang diungkapkan di dalam buku yang berjudul :”Penduduk Irian Barat”: bahwa pertemuan pertama antara orang orang pribumi Irian Barat dengan Orang – orang dari luar daerah terjadi ketika sultan Tidore berusaha memperluas wilayah jajahannya.
Pada abad XIV pantai Utara sampai Barat daerah kepala burung sampai Namatota (Kab. Fak – Fak) di sebelah Selatan, serta Pulau - Pulau di sekitarnya menjadi wilayah kekuasaan Sultan Tidore.
Daerah tersebut meliputi Pulau – Pulau Raja Ampat wilayah Kabupaten Sorong sekarang, serta daerah Fakfak dan sepanjang pesisir Teluk Bintuni wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Manokwari sekarang.
Untuk memperlancar jalannya roda pemerintahan, Sultan Tidore mengangkat empat orang tokoh sebagai raja/korano yang memerintah penduduk di daerah mereka masing – masing atas nama Sultan Tidore. Hunungan kekuasaan pemerintahan antara kerajaan Tidore dengan daerah - daerah kekuasaanya, di tandai dengan kewajiban membayar pajak setiap tahunnya kepada Kerajaan Tidore, melalui raja – raja atau korano – korano yang di angkat oleh Sultan.
Bangsa Barat yang mula – mula melihat pantai Utara Irian adlah dua orang pelaut portugis Antonio D. Anease dan Fransisco Sorreano pada tahun 1511, dalam pelayarannya mencari rempah – rempah, Namun mereka tidak mendarat di pantai itu. Don Jorge De Manezes seorang pelaut portugis merupakan orang Barat pertama yang mendarat, dia menamakan pulau ini pulau Papua. Kata Papua berasal dari bahasa melayu kuno “Papuwah” yang berarti orang berambut keriting. Orang pertama yang memberi nama New Guiena pada pulau Irian adalah ynigo Ortis De Restes, ketika ia berlabuh di muara sungai membramo di pantai Utara Irian. Ynigo Ortis De Retes menamakan dengan nueva Guinea, karena melihat penduduknya berkulit hitam seperti penduduk pantai Afrika Barat. Sebutan yang diberikan oleh De Retes tersebut tertulis dalam peta abad ke XVI dalam bentuk latin yaitu : “Nova Guinea” dan dalam peta belanda “Nieuw Guinea”.Dalam catatan sejarah penamaan Papua dan New Guinea biasa di pakai baersama – sama.
Nama Irian di usulkan oleh Frans Kaisiepo dalam konverensi Malino pada tahun 1946 dan nama ini kemudian dipakai oleh bangsa Indonesia sampai sekarang.
Namun sampai abad ke XIX Daerah Irian Jaya masih dianggap sebagai wilayah gelap, karena penduduknya masih kafir dan menyembah kepada berhala yang telah berakar berabad – abad lamanya.
Sejarah pekabaran Injil di Irian Jaya menunjukan suatu hasil kerja keras pendeta Groessner dan Heldring di jerman, yang giat mengirimkan penginjilnya ke daerah tropis termasuk Irian Jaya yang sangat membutuhkan uluran tangan mereka. Irian Jaya ketika itu dinamakan “Wilayah Iblis”,hal ini menunjukan bahwa Irian belum terjamah oleh Inji.
Dua orang utusan Groessner masing – masing C.W. Ottow dan J.G.Gleissler mengawali misi penginjilannya dari kota berlin lewat kota hemmen (Belanda) seterusnya pada tanggal 25 juli 1852.
Mengingat bahwa daerah Irian Jaya pada waktu itu masih berada dibawah pengaruh kerajaan ternate, Tidore dan Bacan, Kedua penginjil itu memilih Ternate sebagai tempat tujuan antara sebelum masuk ke Irian Jaya. Setelah menunggu selama 18 bulan di batavia maka perjalanan di teruskan ke ternate pada tanggal 19 mei 1854 menempuh perjalanan laut selama 21 hari dan tiba di ternate pada tanggal 1 Juni 1854. Dengan rasa optimis tinggi, tanggal 12 Januari 1855 mereka meninggalkan Ternate dengan menumpang kapal “TERNATA” dengan nahkoda “CONSTATIJN” menuju irian. Atas petunjuk Gubernur Maluku, Doreh ( Doreri ) di tentukan sebagai daerah tujuan.
Tepat tanggal 5 Februari 1855, kedua penginjil itu mendaratkan kakinya di pulau mansinam ( Teluk Doreri ), dengan ucapan “ Dengan nama ALLAH, kami menginjak tanah ini.”
Dari Mansinam Manokwari inilah kemudian berita Injil tersebut diberitakan keseluruh daratan Irian Jaya. Dan berdasarkan sejarah pekabaran Injil tersebut , maka manokwari maka kota manokwari merupakan kota pertama masuknya Injil di Irian Jaya.
Diantara sekian banyak bangsa – bangsa yang pernah datang ke Irian Jaya, bangsa belandalah yang berhasil menguasainya. Dengan kedudukannya yang kuat serta sistem monopolinya di Indonesia, VOC kemudian berhasil mengusir orang – orang eropa lainnya dari Irian.
Usaha Belanda untuk menguasai wilayah Irian Jaya pertama kali kelihatan, ketika di resmikannya pendirian benteng “Fort du bus” di teluk trihaton di kaki gunung lumenciri tepatnya di kampung Lobo desa Lobo kecamatan Kaimana Kabupaten Fakfak. Pada saat itu komisaris kerajaan Belanda A.J. Van Delden, membacakan suatu pernyataan yang dikenal dengan “Proklamasi Fort Du Bus” pada tanggal 24 agustus 1898. Adapun isi daripada proklamasi tersebut antara lain bahwa daerah New Guinea dengan daerah pedalamannya dimulai pada garis 1400BT di pantai selatan terus ke arah Barat, Barat daya dan utara sampai ke semenanjung goede hoop di pantai Utara kecuaili daerah Mansari, Karondefer, Ambarpura dan Ambepon yang dimiliki Sultan Tidore dinyatakan sebagai milik Belanda.
Karena pengaruh kekuasaan Belanda lebih kuat dari kesultanan Tidore atas Irian Jaya, maka terpaksa sultan Tidore menerima kehendak belanda dengan suatu perjanjian penyerahan wilayah berbentuk “korte verklaring” pada tanggal 3 juni 1909.
Sekalipun sejak tahun 1898 Irian jaya sudah dianggap daerah jajahan belanda namun kekuasaan yang sebenarnya baru terwujud pada akhir abad ke XIX. Semula belanda mengabaikan daerah ini, karena di anggap kurang menguntungkan. Tapi setelah timbul ancaman serta saingan – saingan dari orang – orang amerika serta orang eropa lainnya dalam usaha memperluas daerah jajahannya masing – masing, mulailah Belanda memusatkan perhatiannya secara sungguh – sungguh kepada daerah Irian Jaya.
Untuk memantapkan pemerintahan Hindia Belanda di wilayah Irian Jaya ini, maka di bentuklah pos pemerintahan yanng pertama berkedudukan di manokwari. Dengan demikian maka kota manokwari selain sebagai kota pertama masuknya Injil di Irian Jaya juga sebagai embrio pertama sejarah pemerintahan di wilayahn Irian Jaya dan selanjutnya ke fakfak.
Kedua pos pemerintahan tersebut di atas masih langsung di bawahi oleh karesidenan Maluku yang berkedudukan di Ambon.
Dalam perkembangan selanjutnya, kedua pos pemerintahan tersebut di tingkatkan statusnya menjadi Afdeling, yaitu :
Setelah kemerdekaan Indonesia yang di proklamasikan pada tanggal 17 Agustus 1945 dengan suatu wilayah hukum negara yang meliputi bekas wilaya jajahan kerajaan Belanda (Hindia Belanda) maka sejak saat itu secara sah dan di akui oleh dunia luar berdirinya Negara Kesatuan Republik Indonesia yang berwilayah dari sabang sampai Merauke.
Dalam kenyataan sejarah ternyata lain, sebab daerah Irian Jaya ternyata lain, sebab daerah Irian Jaya ternyata tetap di kuasai oleh Belanda, walaupun melalui beberapa kali perjanjian sampai dengan Konverensi Meja Bundar pada tahun 1949 di Den Haag Belanda dan sebagai hasilnya Indonesia menerima pengaturan sementara kedudukan Irian Barat (Irian Jaya) oleh Belanda untuk jangka waktu satu tahun. Dan kemudian ketentuan ini ternyaata tak di penuhi oleh Pemerintah Belanda, di mana Irian Jaya tetap tidak dikembalikan kepada Pemerintah Indonesia.
Namun perjuangan untuk mengembalikan Irian jaya antara tahun 1950 dan 1953 terus di lakukan, terutama melalui meja perundingan secara bilateral dalam lingkungan ikatan Uni Indonesia – Belanda. Setelah usaha – usaha tersebut terbukti tidak membawa hasil, maka sejak tahun 1954 diikuti pembatalan secara sepihak persetujuan KMB oleh Indonesia pada tahun 1956.
Perjuangan untuk mengembalikan Irian Jaya kini didasarkan pada kekuatan rakyat Indonesia sendiri. Dari hasil perjuangan ini pula melahirkan undang – undang nomor 1956, tentang pembentukan Provinsi Irian Barat perjuangan oleh kabinet Ali Sastroamidjojo, Moh. Roem dan Idam Chalid (hasil pemilu I tahun 1955).
Peresmian pembentukan Provinsi Irian Barat perjuangan dilakukan bertepatan dengan hari ulang tahun kemerdekaan Republik Indonesia yang ke 39 pada tanggal 17 Agustus 1956, meliputi wilayah Irian Barat yang masih di duduki belandadan daerah Tidore, Oba, Weda, Patani, serta Wasile di Maluku Utara. Sebagai Gubernur pertama diangkat Sultan Tidore, Zainal Abidin Syah, yang berkedudukan di Soasiu dan pelantikannya di lakukan pada tanggal 23 September 1956.
Pembentukan propinsi perjuangan ini lebih di titik beratkan atas dasar teknis administrasi, dan mendapat dukungan dari seluruh rakyat Indonesia. Untuk lebih mempertegas bahwa Irian Barat merupakan bagian dari pada Negara Republik Indonesia, maka diberi kesempatan kepada rakyat Irian Barat untuk ikut serta dalam pemerintahan.
Maka pada bulan Agustus 1956 Pemerintah Republik Indonesia mengangkat 3 orang anggota Dewan Perwakilan Rakyat sebagai wakil dari rakyat Irian.
Mereka itu adalah : Silas Papare, Mohamad Padang dan A.B Karubuy. Namun demikian propinsi Irian Barat perjuangan ini, walupun mempunyai apa ratur pemerintahan berupa gubernur Kepala Daerah, Dewan Pemerintahan Daerah dan Jawatan-jawatan lainnya,tetap tinggal melempen sampai akhir hidupnya. Perjuangan untuk mengembalikan Irian Barat belum membawa hasil apa-apa, karena Belanda secara menyolok mendirikan “Dewan Papua” pada tanggal 5 April 1961 yang kemudian disusul dengan pembentukan “Negara Papua Merdeka” terlepas dari Negara Republik Indonesia.
Maka terpaksa pemerintahan Indonesia meningkatkan konfrontasinya dalam bidamg mileter. Hal ini memperlihatkan kesungguhan pemerintahan Indonesia untuk membebaskan wilayah Irian Barat dari tangan Belanda dengan kekuatan senjata. Tepat pada tanggal 19 Desember 1961 di jogyakarta Presiden Soekarno selaku Panglima Tertinggi Angkatan Perang mengeluarkan Tri komando Rakyat (Trikora) yang berbunyi sebagai berikut :
TRI KOMANDO RAKYAT
Kami, Presiden/Panglima Tertinggi Angkatan Perang Republik Indonesia dalam rangka politik konfrontasi dengan pihak Belanda untuk membebaskan Irian Barat telah memberikn instruksi kepada angkatan Bersenjata untuk pada setiap waktu yang kami akan tetapkan menjalankan tugas kewajiban membebaskan Irian Barat Tanah Air Indonesia dari belenggu kolonialisme Belanda.
Dan kini oleh karena Belanda masih tetap mau melanjutkan kolonialisme ditanah air kita Irian Barat,dengan memecah belah bangsa dan Tanah Air Indonesia, maka kami perintahkan kepada rakyat Indonesia, juga yang berada di daerah Irian Barat, untuk melaksanakan Tri Komando sebagai berikut:
Semoga Tuhan Yang Maha Esa memberkati perjuangan kemerdekaan Indonesia. Dengan dikeluarkannya Tri Komado Rakyat maka perjuangan mengembalikan Irian Barat kedalam wilayah kekuasaan Republik Indonesia memasuki babak baru
Pelaksanaan Trikora memerlukan suatu propinsi sesuai dengan pasal 18 UUD tahun 1945. Pada tanggal 1 Januari 1962 dikeluarkanlah penetapan Presiden No.1 tahuin 1962 tentang pembentukan Propinsi irian Barat bentuk baru.
Penetapan Presiden ini sekaligus mencabut UU No. 15 Tahun 1956 dan segenap peraturan negara yang berdasrkan undang-undang tersebut.
Dengan demikian berakhirlah propinsi Irian Barat perjuangan yang hidup sejak tahun 1956 sampai akhir1961. Pemerintah menganggap sudah tiba saatnya untuk membentuk secara nyata suatu propinsi sebagaimana dimaksud dalam pasal 18 UU 1945 bagi wilayah Irian Barat dengan ibukota didaratan wilayah Irian jaya sendiri. Dalam Penpres Nomor 1 tahun 1961 pasal 1 menetapakan bahwa Residentie Nieuw Guinea yang di ciptakan dan masih diduduki oleh Belanda, kini dibentuk menjadi suatu Propinsi Irian Barat Bentuk Baru
sebagai ibukota Propinsi Irian barat Bentuk Baru ditetapkanlah kota Baru (Hollandia) yang terletak didaratan Irian Jaya. Baru (Hollandia) yang terletak didaratan Irian Jaya.
Selanjutnya susunan Pmerintah Daerah ini akan terdiri atas seorang Gubernur putera asli Irian Barat dengan didampingi oleh wakil ubernur, Dewan Perwakilan Rakyat Daerah dan Badan Perintah Harian. Selama perjuangan pembebasan Irian Barat (Irian jaya) masih berlangsung, semua penjabat akan diangkat oleh Presiden Republik Indonesia. Demikian pula jumlah anggota DPRD dan BPH serta kekuasaan, tugas dan kewajibannya ditetapakan pula oleh presiden.
Menurut konsepsi Pemerintahan Republik Indonesia, Propinsi Irian Barat baru merupakan propinsi otonom sebagai pelaksanaan pasal 18 undang-undang Dasar 1945, kepada penduduk asli Irian Barat akan diberikan otonom seluas-luasnya yang terwujud antara lain dengan ditetapkannya putera asli asal wilayah itu sebagai Gubernur. Tetapi berhubung belum selesainya perjuangan Pembebasan Irian Barat dari tangan Belanda, maka pelaksanaan otonomi disesaikan dengan taraf perjuangan.
Kelanjutan penyusunan propinsi dalam susunan ketatanegaraan Republik Indonesia akan ditetapakan setelah wilayah ini kembali dalam lingkungan kekuasaan Pemerintah Republik Indonesia. Perjuangan pembebasan Irian Barat yang telah meningkat pada konfrontasi senjata, ,mengakibatkan semua potensi dan perhatian dicurahkan terhadap persiapan-persiapan operasi militer. Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah Propinsi Irian Barat bentuk baru dalam suasana yang genting tersebut tidak nampak nyata. Untuk mempersiapkan dan menyelanggarakan operasi-operasi militer dari wilayah Indonesia bagian timur kedaratan Irian Barat, maka Presiden sebagai Panglima Besar Komando Tertinggi Pembebasan Irian Barat mengeluarkan keputusan Nomor 1 tahun 1962, tentang dibentuknya suatu “Komando Mandela” dimana dalam nenunaikan tugasnya untuk kepentingan kesatuan tindakan, didampingi oleh staf pemerintah Daerah Propinsi Irian Barat bentuk baru. Komando ini dipimpin langsung oleh Mayor Jendral Suharto (Presiden Ri sekarang) dan berkedudukan di ujung padang. Kegiatan-kegiatan propinsi ini selanjutnya diselenggarakan dalam rangka kerja sama dengan pihak milter, sebagai akibat konfrontasi militer dan pendaratan gerilyawan-gerilyawan Indonesia di Irian Barat.
Kedudukan Belanda di Irian barat menjadi semakin goyah. Pihak Belanda tidak lagi merasa yakin akan dapat mempertahankan wilayah tersebut,apabila Republik Indonesia melakukan opersi-operasi militer secar besar-besaran. Oleh kerena itu berdasarkan prinsip-prinsip yang di usulkan oleh diplomat amerika serikat., yaitu Ellsworth Bunker, akhirnya pihak Belanda bersedia mengadakan perundingan dengan Republik Indonesia tentang tata cara penyerhan Irian Barat kepada Indonesia.
Dalam bulan Juli 1962 mulailah dilangsungkan perundingan-perundingan di bawah bimbingan pejabat Sekretaris Jendral PBB, yaitu U.Thant dan Ellsworth Banker. Akhirnya tepat tanggal 15 Agustus 1962 diadakan penanda tanganan yang bersejarah yang disebut “Persetujuan New York”. Dalam persetujuan tersebut diupayakan bahwa tuntutan Indonesia untuk memasukkan wilayah Irian Barat kedalam kukuasaan pemerintah Republik Indonesia di penuhi oleh Belanda melalui suatu masa perihan pemerintahan yang diselenggarakan oleh pihak ketiga, ialah Badan Pemerintah sementara PBB atau United Nation Temporary Executive Autority (UNTEA) dan pihak Indonesia juga mengakui dan melaksanakan tuntutan Belanda tentang pemberian hak menentukan pendapat bagi rakyat Irian Barat untuk mengatur status wilayah sendiri , dilakukan selambat-lambatnya setelah 7 tahun penyerahan kekuasaan. Pelaksanaanya kemudian terkenal dengan penentuan pendapat Rakyat (PEPERA).
Point lain dalam persetujuan New York yang sangat erat kaitannya dengan penyerahan kekuasaan Irian Barat dari Untea kepada Pemerintah Republik Indonesia sebagai berikut:
Dengan demikian maka pada tanggal 1 Mei 1963, pemerintah Republik Indonesia mulai menjalankan pemerintahannya di Irian Barat.
Sesuai dengan kehendak Belanda yang dituangkan dalam persetujuan New York , yaitu agar rakyat Irian Barat diberi hak unruk memberikan pendapatnya setelah 7 tahun penyerahan kekuasaan Irian Barat dari pemerintah semntara PBB kepada Indonesia, maka pada tanggal 14 Juli 1969 sampai dengan 2 Agustus 1969 dilaksanakan Penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) di Irian Barat. Hasilnya adalah rakyat Irian Barat tetap memilih bergabung dengan Republik Indonesia. Dengan demikian wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia telah utuh kembali dengan secara nyata dari sabang – merauke
Untuk mengejar ketinggalan-ketinggalan akibat penjajahan, maka pemerintah bersama dengan rakyat di Propinsi Irian Jaya melaksanakan pembangunan disegala bidang, melalui tahapan-tahapan Pelita.
Pada akhir Pelita II tahun 1979 Kabupaten Daerah Tingkat II Manokwari berhasil meraih penghargaan tertinggi dari negara berupa Pataka Parasamya Purna Karya Nugraha.
Dalam rangka persiapan pemekaran wilayah Irian Jaya menjadi beberapa propinsi pada Pelita IV, kota Manokwari telah ditetapkan sebagai Pusat Pembantu Gubernur wilayah II, yang meliputi : Kabupaten Dati II Manokwari sorong, Teluk Cendrawasih dan Yapen Waropen.
Di pilihnya kota Manokwari sebagai pusat pembantu Gubernur Wilayah II, karena fakta sejarah dimana kota Manokwari adalah merupakan kota pertama masuknya Injil di Irian Jaya dan juga merupakan kota pemerintahan pertama di Irian Jaya.
Dalam upaya membangun kota manokwari agar sesuai dengan RIK (Rencana Induk Kota) diupayakan pula untuk mewujudkan kota Manokwari menjadi kota yang BERSEJARAH (Bersih,Sehat,Jaya,Rapi, Aman dan Hidup)
-kota yang Bersih
Pengertian kota yang bersih adalah kota yang memiliki tatacara pengelolahan sampah dan air limbah yang teratur dan baik.
- Kota yang sehat
Berarti penduduk yang hidup dalam kota itu benar – benar bebas dari penyakit menular maupun wabah penyakit lainnya. Jadi sehat dalam arti jasmani maupun rohaninya.
- Kota yang jaya
Berarti kota yang berhasil melaksanakan pembangunan di segala bidang. Suasana ini menggambarkan bahwa kota telah tentram, tertib dan warga kotanya hidup rukun dan damai.
- Kota yang rapi
Berarti kota yang telah daitata sedemikian rupa hingga rapi, dimana setiap sudut – sudut kota terdapat taman – taman kota serta tata bangunan yang sesuai dengan rencana kota induk Manokwari.
- Kota yang aman
Mencerminkan suasana aman bagi warga kotanya, yaitu aman dari gangguan manusia, aman dari kemungkinan putusnya sumber hidup (lapangan kerja).
- Kota yang hidup
Artinya kota yang terus berkembang mengikuti perkembangan teknologi, maupun perkembangan penduduknya.
Pembangunan terus dilaksanakan sesuai tuntutan warga kota yang terus meningkat